El ozono es un regulador de la inmunidad, estimula las defensas y revierte la inmunidad que se ha dirigido contra partes de nuestro propio organismo en enfermedades autoinmunes.​

Los fármacos inmunosupresores se usan típicamente en el tratamiento de algunos cánceres y  enfermedades inflamatorias.

La Ozonoterapia refuerza el estado inmune de estos pacientes, disminuyendo mucho estas infecciones potencialmente mortales.

Los tratamientos con Ozono no interfieren con la eficacia de la quimioterapia, y al asociarlos conseguimos  mejorar el estado general, y disminuir los efectos secundarios. En algunos estudios la Ozonoterapia aumentaría el efecto curativo de la radioterapia.

Hay un segundo grupo de enfermos funcionalmente inmunodeprimidos. Después de una cirugía, una infección grave, un trauma psíquico, debido a la edad avanzada, o incluso a veces sin ninguna causa identificable, empiezan a tener infecciones de repetición.

Son típicas las infecciones respiratorias de repetición que asociadas a Bronquiectasias, que obligan a múltiples ciclos de antibióticos. Estos pacientes tienen la calidad de vida muy limitada y a menudo viven “acorazados” , con el temor de sufrir una nueva de estas infecciones.

En estos pacientes funcionalmente inmunodeprimidos, hemos comprobado que la Ozonoterapia ha sido capaz de revertir de forma completa y definitiva este estado de fragilidad inmune. Las infecciones sencillamente dejan de producirse.

La razón de esto es que éste déficit inmune se debe a sufrimiento oxidativo del sistema inmune, el cual responde espectacularmente al ozono.

La ozonoterapia es muy eficaz en el tratamiento de enfermedades autoinmunes como el Lupus, la Artritis Reumatoide, o la Enfermedad de Crohn entre otras.

En muchos pacientes, con la Ozonoterapia por si sola ( unida a una serie de medidas higiénicas y alimentares) conseguimos mantener a nuestros pacientes, completamente libres de enfermedad.

En algunos otros pacientes con enfermedad de base extremadamente agresivos, no conseguimos retirar completamente la medicación inmunosupresora, pero si la conseguimos reducir al tiempo que mejoramos su estado general.

La ozonoterapia también es muy eficaz en el tratamiento de enfermedades por hipersensibilidad como el asma o la dermatitis atópica.